신고기한을 놓쳤다면, 기한후신고는 언제 하느냐로 가산세가 달라진다

폐업하면서 마지막 부가가치세 신고를 빠뜨렸거나, 작년 종합소득세를 아직 신고하지 않았거나, 직원 급여에서 뗀 원천세를 몇 달째 내지 못했다면 지금이라도 신고할지, 세무서 연락을 기다릴지를 정해야 합니다.

세무서가 세액을 결정해 통지하기 전이라면 지금 기한후신고를 할 수 있고, 법정신고기한이 지난 뒤 얼마 만에 하느냐에 따라 무신고가산세가 50%·30%·20% 줄어듭니다. 1개월 안이면 절반이 줄고, 6개월을 넘기면 감면이 없습니다. 납부지연가산세는 감면 대상이 아니고 하루 단위로 계속 쌓이므로, 기다린다고 유리해지는 것은 없습니다. 다만 원천세는 구조가 달라서 이 감면 구간이 없습니다.

이중장부나 거짓 증빙 같은 부정행위가 있으면 가산세율이 달라지므로, 아래 내용은 그런 사정 없이 신고를 놓친 개인사업자와 소규모 법인을 기준으로 합니다.

기한후신고는 언제까지 할 수 있나요?

법정신고기한까지 신고서를 내지 않은 사람은 관할 세무서장이 그 세금의 과세표준과 세액을 결정해 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 낼 수 있습니다. 이것을 기한후신고라고 합니다. 날짜로 정해진 마감이 아니라 “세무서가 먼저 결정해 통지하기 전”이라는 조건이 시한입니다. 납부할 세액이 있으면 신고와 함께 내야 합니다.

기한후신고를 하면 세무서는 신고일부터 3개월 안에 세액을 결정해 알려 주어야 하고, 조사에 오래 걸리는 등 부득이한 사유가 있으면 그 사유를 알려 주어야 합니다. 결정 통지가 오기 전이라면 빠뜨린 내용을 다시 기한후신고로 보탤 수 있고, 결정·경정 통지 전까지는 수정신고도 할 수 있습니다. 국세청은 2019년 회신에서 기한후신고에 대한 결정·통지가 없는 동안에는 다시 기한후신고를 할 수 있다고 해석했습니다.

반대로 세무서가 먼저 세액을 결정해 고지서를 보냈다면 그 뒤에는 기한후신고라는 선택지가 없습니다. 신고하지 않은 세금은 부과할 수 있는 날부터 7년 동안 세무서가 결정할 수 있으므로(신고한 세금의 5년보다 길고, 부정행위가 있으면 10년), “연락이 없으니 넘어갔다”고 보기는 어렵습니다.

가산세는 어떻게 계산되나요?

신고기한을 놓치면 원래 낼 세금에 두 가지 가산세가 더해집니다. 하나는 신고를 하지 않은 데 대한 무신고가산세, 다른 하나는 세금을 늦게 내는 데 대한 납부지연가산세입니다. 기한후신고로 줄어드는 것은 앞의 것뿐입니다.

무신고가산세 — 내야 할 세액의 20%

무신고가산세는 신고했더라면 납부했어야 할 세액(무신고납부세액)의 20%입니다. 부정행위로 신고하지 않은 경우에는 40%(역외거래는 60%)로 올라갑니다. 예정신고와 중간신고를 하지 않은 것도 무신고에 포함됩니다.

종합소득세·법인세에는 한 가지 비교 규정이 더 있습니다. 복식부기의무자(장부를 복식으로 적어야 하는 개인사업자)와 법인이 신고를 하지 않으면, 세액의 20%와 수입금액의 0.07%를 비교해 큰 금액이 무신고가산세가 됩니다. 매출은 큰데 이익이 적어 세액이 작은 사업자는 수입금액 기준이 더 클 수 있습니다. 예를 들어 수입금액 3억원에 무신고납부세액이 50만원이면 20%는 10만원이지만 수입금액의 0.07%는 21만원이어서 21만원이 됩니다. 간편장부대상자인지 복식부기의무자인지는 업종별로 직전 연도 수입금액이 3억원·1억 5,000만원·7,500만원에 미달하는지로 나뉘고, 새로 사업을 시작한 해는 간편장부대상자입니다(시행령이 따로 정한 일부 사업자는 수입금액과 관계없이 간편장부대상자에서 제외되어 복식부기의무자).

납부지연가산세 — 하루 0.022%

납부지연가산세는 내지 않은 세액에 법정납부기한 다음 날부터 납부일 전날까지의 일수를 곱하고, 다시 1일 10만분의 22(0.022%)를 곱해 계산합니다. 1년이면 약 8%입니다. 세무서가 결정해 고지한 뒤에도 그 납부기한까지 내지 않으면 3%가 한 번 더 붙고 그 뒤로는 월 단위로 가산이 계속됩니다(2026년 7월 1일부터 시행된 개정 규정이며, 고지서의 납부기한이 2026년 6월 30일 이전에 지난 세금은 종전 규정에 따릅니다. 납부고지서별·세목별 세액이 150만원 미만이면 월 단위 가산은 적용하지 않습니다). 이 글에서는 고지 전에 스스로 신고·납부하는 경우를 기준으로 하루 0.022%만 계산합니다.

신고 시점에 따라 감면은 얼마나 달라지나요?

기한후신고를 하면 법정신고기한이 지난 뒤 얼마 만에 했느냐에 따라 무신고가산세가 줄어듭니다. 1개월 안이면 50%, 1개월을 넘겨 3개월 안이면 30%, 3개월을 넘겨 6개월 안이면 20%를 감면합니다. 6개월을 넘기면 감면이 없습니다. 감면은 무신고가산세에만 적용되고, 세무서가 결정할 것을 미리 알고 신고한 경우는 제외됩니다. 시행령은 그 경우를 해당 세금에 관하여 “세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서 또는 기한후과세표준신고서를 제출한 경우”로 정하고 있습니다.

구간은 법정신고기한부터 셉니다. 신고기한이 토요일·일요일·공휴일이면 그 다음날이 기한이 되므로, 2026년의 실제 날짜는 다음과 같습니다. 이 글을 쓰는 2026년 10월 기준으로 2025년 귀속 종합소득세는 20% 구간, 2026년 1기 부가가치세 확정신고는 30% 구간에 있습니다.

같은 세액을 언제 신고·납부하느냐에 따라 부담이 어떻게 달라지는지 가상 사례로 보면 다음과 같습니다.

감면을 받으려는 사람은 관할 세무서장에게 감면 신청서를 제출해야 합니다. 신청서에는 감면을 받으려는 가산세와 관계되는 세목·부과연도와 가산세의 종류·금액을 적습니다. 기한후신고서에 반영한 가산세액이 자기 구간에 맞게 계산됐는지도 제출 전에 확인합니다.

부가세·종합소득세·원천세는 무엇이 다른가요?

부가가치세 — 합계표를 늦게 내도 매입세액 공제가 막히지는 않습니다

부가가치세 확정신고 기한은 과세기간이 끝난 후 25일(1기는 7월 25일, 2기는 다음 해 1월 25일)이고, 폐업했다면 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일입니다. 간이과세자는 다음 해 1월 25일입니다. 예정신고는 예정신고기간(1~3월, 7~9월)이 끝난 후 25일까지이며, 개인사업자와 시행령이 정한 법인은 원칙적으로 예정신고 대신 세무서가 직전 과세기간 납부세액의 절반을 고지하는 예정고지를 받습니다(징수할 금액이 50만원 미만인 경우 등은 고지하지 않고, 사업 부진 등 정해진 사유가 있으면 예정신고를 할 수 있습니다).

신고를 놓쳤다고 매입세액 공제를 잃는 것은 아닙니다. 발급받은 세금계산서의 매입처별 세금계산서합계표를 기한후신고서와 함께 내서 세무서장이 결정하는 경우에는 합계표를 내지 않았다는 이유로 매입세액 공제가 막히지 않고, 이때 매입처별 합계표 관련 가산세도 적용되지 않습니다(사업과 관련 없는 지출처럼 다른 사유로 공제되지 않는 매입세액은 그대로입니다). 매출·매입처별 합계표는 전자세금계산서를 발급하거나 받고 그 발급명세가 정해진 기한까지 국세청에 전송된 분이라면 제출을 생략할 수 있습니다. 종이 세금계산서를 발급했거나 전송이 늦은 분이 있다면 세금계산서 관련 가산세가 따로 계산될 수 있으므로 기한후신고를 준비할 때 함께 확인합니다.

예정신고 대상자가 예정신고를 빠뜨렸다면, 예정신고분을 확정신고에 합쳐 넣는 것과 예정신고분을 따로 기한후신고하는 것이 같지 않을 수 있습니다. 예정신고기한을 넘겼더라도 확정신고기한까지 그 예정신고분을 기한후신고하면 그 기간의 무신고가산세가 50% 줄어드는 규정이 있습니다(경정할 것을 미리 알고 신고한 경우는 제외). 국세청은 기준-2024-법규기본-0098(2024. 9. 26.) 회신에서 토지 등 매매차익 예정신고를 하지 않은 부동산매매업자가 그 예정신고분을 따로 기한후신고하지 않고 종합소득세 확정신고에 포함해 신고한 경우는 이 50% 감면 대상이 아니라고 보았습니다. 부가가치세 예정신고분에 같은 논리가 적용되는지는 개별 확인이 필요하지만, 예정신고분을 따로 기한후신고하는 쪽이 조문에 맞습니다.

종합소득세 — 장부 서류와 세액감면이 걸립니다

종합소득세 확정신고 기한은 다음 해 5월 31일이고, 성실신고확인대상사업자가 성실신고확인서를 제출하는 경우는 6월 30일입니다(앞의 구간 표는 5월 31일 기준입니다). 복식부기의무자는 재무상태표·손익계산서·합계잔액시산표와 조정계산서를 함께 내야 하고, 이 서류를 내지 않으면 신고를 하지 않은 것으로 봅니다. 장부 없이 서둘러 신고서만 내면 무신고로 남을 수 있으므로, 기한후신고를 준비할 때는 장부부터 확인합니다.

또 하나 확인할 것은 세액감면입니다. 조세특례제한법 제128조 제2항은 기한후신고를 하는 경우 창업중소기업 세액감면(제6조)과 중소기업에 대한 특별세액감면(제7조)을 비롯해 그 항에 열거된 감면·공제를 적용하지 않도록 정하고 있습니다. 이와 별도로 국세청은 서면-2026-소득-1072(2026. 7. 13.) 회신에서 소득세법 제70조의2와 조세특례제한법 제126조의6에 따라 기한후신고 시 그 과세연도의 성실신고확인비용 세액공제를 적용할 수 없다고 보았습니다(이 공제는 성실신고확인서를 제출하는 사업자에게 적용되는 것이며, 회신 원문에 질의 사실관계는 수록되어 있지 않습니다). 기한 안에 신고했다면 받았을 감면을 기한후신고에서는 받지 못할 수 있으므로, 감면을 받아 오던 사업자는 가산세와 별도로 이 부분의 세액 차이도 계산에 넣어야 합니다.

법인세도 같은 구조입니다. 신고기한은 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(12월 결산이면 3월 31일. 성실신고확인서를 제출하는 법인은 4개월, 외부감사가 끝나지 않아 결산이 확정되지 않은 법인은 신청에 따라 1개월 범위에서 연장 가능)이고, 재무상태표·포괄손익계산서·이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)와 세무조정계산서를 붙이지 않으면 신고로 보지 않습니다(수익사업이 없는 비영리법인은 예외). 무신고가산세의 수입금액 비교와 조세특례 배제도 법인에 그대로 적용됩니다.

원천세 — 감면 구간이 없는 대신 가산세에 한도가 있습니다

급여·사업소득 등에서 뗀 원천세는 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 냅니다(상시고용인원 수와 업종 등을 고려해 시행령이 정한 원천징수의무자는 법에서 정한 일부 세액을 제외하고 반기 마지막 달의 다음 달 10일까지 낼 수 있습니다). 국세청은 2001년 회신(당시 법령 기준)에서 이때 내는 원천징수이행상황신고서는 집계표이며 세법상 과세표준신고서가 아니라고 보았습니다. 무신고가산세는 과세표준 신고를 하지 않은 경우에 붙고 기한후신고 감면도 그 가산세에만 적용되므로, 원천세에는 무신고가산세도 기한후신고 감면 구간도 없습니다. 대신 원천징수 등 납부지연가산세가 붙습니다. 미납세액의 3%에 하루 0.022%씩 더한 금액이고, 이 두 금액의 합계는 미납세액의 10%가 한도입니다. 세무서가 고지한 뒤에도 그 납부기한까지 내지 않으면 가산이 따로 더해집니다(2026년 7월 1일 시행 규정, 그 전에 고지서 납부기한이 지난 분은 종전 규정).

예를 들어 원천세 100만원을 100일 늦게 내면 3만원(3%)에 2만 2,000원(100일분)을 더한 5만 2,000원이고, 1년을 넘기면 계산액이 11만원을 넘지만 한도인 10만원에서 멈춥니다. 원천세는 “언제 내느냐”로 감면이 달라지지는 않지만, 하루 단위 가산이 한도에 닿기 전까지는 빨리 낼수록 적습니다.

지금 무엇을 확인하고 결정해야 하나요?

결론을 가르는 것은 다음 사실관계입니다.

• 세무서에서 결정·고지서를 받았는지: 아직 받지 않았다면 기한후신고가 가능합니다. 고지서를 받았다면 기한후신고 대신 고지된 내용을 확인해 대응합니다. 해당 세금의 세무조사 착수를 알고 난 뒤의 기한후신고는 감면 대상이 아닙니다.
• 법정신고기한이 언제였는지: 기한이 주말·공휴일이면 다음날이 기한입니다. 거기서 1개월·3개월·6개월을 세어 지금이 어느 구간인지 확인합니다. 구간이 바뀌기 전에 마칠 수 있다면 그 날짜가 1차 목표가 됩니다.
• 놓친 과세기간이 몇 개인지: 부가가치세는 과세기간마다, 종합소득세는 연도마다 따로 신고합니다. 여러 기간을 놓쳤다면 각 기간의 구간을 따로 봅니다. 무신고 세금은 부과할 수 있는 날부터 7년 동안 결정될 수 있으므로 오래된 기간도 정리 대상입니다.
• 세액을 지금 낼 수 있는지: 기한후신고는 납부와 함께 하는 것이 원칙입니다. 당장 전액 납부가 어려우면 신고를 먼저 해 무신고가산세 감면 구간을 확보하고 납부 계획을 세우는 방법을 검토합니다. 납부지연가산세는 내는 날까지 계속 붙습니다.
• 장부와 증빙이 갖춰졌는지: 복식부기의무자는 재무제표·조정계산서 없이 낸 신고서가 무신고로 남습니다. 부가가치세는 매입 세금계산서를 모두 모아 합계표에 넣어야 매입세액을 공제받습니다.

검토를 위해 준비할 자료는 다음과 같습니다.

• 놓친 세목과 과세기간, 세무서에서 받은 안내문·고지서가 있다면 그 사본
• 부가가치세: 해당 기간의 매출·매입 세금계산서(전자세금계산서 발급·수취 내역), 신용카드·현금영수증 매출과 매입 내역
• 종합소득세·법인세: 해당 연도의 장부(또는 장부 작성에 필요한 통장·카드·증빙), 전년도 수입금액(복식부기의무자 판단용), 그동안 적용받아 온 세액감면·공제 내역
• 원천세: 미납 월의 급여대장·원천징수영수증과 납부한 월·미납한 월의 구분