벤처기업 스톡옵션을 행사한다면 — 연 2억 비과세·5년 분납·과세이연 중 무엇을 고를까

벤처기업에서 받은 스톡옵션(주식매수선택권)을 행사하려는 임직원과 퇴사자, 그리고 행사 신청을 받은 회사가 "비과세·분할납부·과세이연 가운데 무엇을 신청해야 하고 세금이 얼마나 되는지"를 묻는 상담 사례가 자주 확인됩니다. 행사이익이 수억 원이면 선택에 따라 올해 낼 세금과 나중에 낼 세금의 성격이 달라지는데, 세 특례는 적용 순서와 신청 기한이 각각 다릅니다.

벤처기업 스톡옵션 행사이익에는 조세특례제한법이 정한 세 가지 특례가 있습니다. 첫째, 행사이익 가운데 연간 2억 원(벤처기업별 누적 5억 원)까지는 소득세를 매기지 않는 비과세 특례입니다. 둘째, 비과세를 넘는 금액의 소득세를 회사가 원천징수하지 않고 본인이 종합소득세 신고 때 5년에 나누어 내는 납부특례입니다. 셋째, 행사 때는 소득세를 매기지 않고 그 주식을 팔 때 양도소득세로 내는 과세특례(과세이연)입니다. 비과세는 요건을 갖추면 먼저 적용되고, 비과세를 넘는 금액에 대해 납부특례와 과세특례 중 하나를 고르는 구조입니다. 세 특례 모두 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권에 적용됩니다.

아래 내용은 벤처기업육성에 관한 특별법에 따라 부여받은 주식매수선택권을 국내 거주자가 행사하는 경우를 기준으로 하며, 지방소득세는 소득세와 별도로 붙습니다. 벤처기업이 아닌 회사의 스톡옵션에는 이 특례가 적용되지 않고 일반 과세만 됩니다.

스톡옵션 행사이익은 어떤 소득으로 과세되나요?

스톡옵션 행사이익은 행사 당시 주식의 시가에서 실제 매수가액(행사가격)을 뺀 차액입니다. 행사가격 5,000원인 스톡옵션을 시가 10,000원일 때 행사하면 1주당 5,000원이 행사이익이고, 주식을 아직 팔지 않았더라도 행사한 해의 소득이 됩니다. 주식을 나중에 팔아 생기는 차익은 그와 별개로, 주식의 종류와 대주주 여부 등에 따라 양도소득세 과세 대상이 될 수 있습니다.

행사이익이 어떤 소득이 되는지는 행사 시점에 그 회사에 다니고 있는지로 갈립니다. 재직 중에 행사하면 소득세법 시행령 제38조 제1항 제17호의 근로소득이고, 퇴직 전에 부여받은 스톡옵션을 퇴직 후에 행사하면 소득세법 제21조 제1항 제22호의 기타소득입니다. 어느 쪽이든 회사가 지급할 때 원천징수를 하고, 본인은 다음 해 5월 종합소득세 확정신고에서 다른 소득과 합산해 누진세율로 정산합니다. 벤처기업의 세 특례는 이 기본 과세에 예외를 두는 제도입니다.

벤처기업 스톡옵션의 세 가지 특례는 무엇이 다른가요?

세 특례는 모두 조세특례제한법 제16조의2부터 제16조의4까지에 있지만, 대상이 되는 주식매수선택권의 부여 근거는 특례마다 다릅니다. 비과세 특례는 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3에 따라 부여받은 것과 코넥스상장기업이 상법 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여한 것, 납부특례는 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3에 따라 부여받은 것과 상법 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 것(코넥스상장기업 한정 없음), 과세특례·과세이연은 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3에 따라 부여받은 것만 대상입니다. 효과와 절차를 한 표로 비교하면 다음과 같습니다.

비과세 특례의 연 2억 원·누적 5억 원은 어떻게 적용되나요?

비과세 한도는 두 겹입니다. 한 해에 행사해 얻은 이익 가운데 연간 2억 원까지 소득세를 매기지 않되, 같은 벤처기업에서 비과세로 받은 금액의 총 누적액이 5억 원을 넘지 못합니다. 올해 2억 원을 비과세로 받았다면 내년에 다시 2억 원까지 받을 수 있고, 그렇게 누적 5억 원에 이르면 그 벤처기업의 스톡옵션에서는 더 받을 수 없습니다. 한도를 넘는 금액은 근로소득 또는 기타소득으로 과세됩니다.

지금의 한도는 2023년 1월 1일 이후 행사분부터 적용됩니다. 그 전에는 연간 5천만 원(2022년 행사분), 3천만 원(2020~2021년 부여분), 2천만 원(2018~2019년 부여분)처럼 한도가 달랐고 부여 시기에 따라 갈리는 구조였습니다. 2022년 12월 31일 개정 조세특례제한법의 부칙은 시행 전에 행사한 이익에는 종전 한도를 적용하고, 누적 5억 원 한도는 시행 이후 행사분부터 세며 시행 전에 행사한 이익은 누적 금액에 넣지 않는다고 정했습니다. 국세청도 2023년 1월 1일 전에 부여받은 스톡옵션을 2023년 1월 1일 이후 행사하면 개정된 제16조의2·제16조의3·제16조의4의 요건을 갖춘 경우 각 특례를 적용받을 수 있다고 회신했습니다. 부여 기한은 2024년 12월 31일 개정 전 조문에서 "2024년 12월 31일 이전에 부여받은" 것이었고, 개정으로 "2027년 12월 31일 이전에 부여받은" 것으로 바뀌었습니다.

신청 서류는 회사 몫입니다. 회사(원천징수의무자)가 비과세특례적용명세서를 행사일이 속한 연도의 다음 연도 2월 말일까지 세무서에 내고, 납부특례나 과세특례의 명세서를 냈다면 비과세 명세서는 따로 내지 않아도 됩니다. 국세청은 비과세특례적용명세서가 기한 안에 제출되지 않았더라도 법에서 정한 요건을 갖추었으면 비과세를 적용받을 수 있다고 회신하면서, 요건 충족 여부는 사실판단 사항이라고 덧붙였습니다. 기한을 넘긴 뒤에 다투기보다 행사 전에 회사와 제출 일정을 맞추어 두는 편이 안전합니다.

납부특례로 원천징수 없이 5년에 나누어 내려면 무엇을 언제 내야 하나요?

납부특례는 비과세를 넘는 행사이익의 소득세를 회사가 원천징수하지 않고, 본인이 행사한 해의 종합소득세 확정신고 때 행사이익을 포함해 신고하되 행사이익과 관련된 소득세액의 5분의 4를 빼고 내고, 그 뺀 금액을 다음 4개 연도의 확정신고 때 4분의 1씩 내는 제도입니다. 결과적으로 5년에 걸쳐 5분의 1씩 내는 셈이며, 소득의 성격은 그대로 근로소득이나 기타소득입니다. 행사가격과 시가의 차액을 주식이 아닌 현금으로 받는 방식에는 적용되지 않습니다.

관련 세액은 "행사이익을 포함한 결정세액에서 행사이익을 빼고 계산한 결정세액을 뺀 금액"으로 계산합니다. 행사이익이 다른 소득 위에 얹혀 누진세율 구간을 올린 만큼이 분납 대상이 되는 구조입니다. 절차는 본인과 회사가 나누어 맡습니다.

행사한 달의 다음 달 5일까지 회사에 신청서를 내면 회사는 원천징수를 하지 않고 다음 달 10일까지 특례적용대상명세서를 세무서에 냅니다. 이 기한을 놓쳤더라도 행사한 해의 종합소득세 확정신고 때 신청서를 세무서에 내면 적용받을 수 있고, 기획재정부는 그 기한까지 놓친 경우에도 기한 후 신고 등을 통해 납부특례를 적용받을 수 있다고 해석했습니다. 다만 신청이 없으면 회사는 원천징수를 하게 되므로, 신청서는 행사 전에 준비해 두는 것이 간단합니다.

과세특례(과세이연)로 행사 때 세금을 내지 않으려면 어떤 요건이 필요한가요?

과세특례는 요건을 갖춘 "적격주식매수선택권"을 행사하면서 신청하면 행사 때 소득세를 매기지 않고, 그 주식을 양도할 때 양도소득세로 과세하는 제도입니다. 근로소득·기타소득으로 누진세율을 적용받는 대신 양도소득으로 과세되고, 세금을 내는 시점도 주식을 팔아 돈이 생기는 때로 미뤄집니다. 그만큼 요건이 까다롭고 지켜야 할 사후 조건이 있습니다.

요건을 독자 기준으로 풀면 다음과 같습니다.

• 누가: 벤처기업의 임원·종업원 가운데 주주총회 결의일 현재 스톡옵션을 모두 행사하면 발행주식 총수의 10%를 넘게 보유하게 되는 사람, 법인세법 시행령상 지배주주, 10% 초과 주주와 그 친족·경영지배관계자는 제외됩니다(조세특례제한법 시행령 제14조의4 제1항).
• 어떤 스톡옵션: 주주총회 결의를 거쳐 수량·매수가액·대상자·기간을 약정했고, 다른 사람에게 양도할 수 없으며, 주주총회 결의일부터 2년 이상 재직한 뒤 행사하는 것(사망·정년 등 불가피한 사유는 예외).
• 얼마까지: 행사일부터 거꾸로 2년이 되는 날이 속한 과세기간부터 행사일이 속한 과세기간까지 전체 행사가액(행사가격 × 주식 수) 합계가 5억 원 이하. 국세청은 이 합계가 5억 원을 넘으면 과세특례를 적용받을 수 없다고 회신했습니다.
• 어떻게: 본인 명의로 "주식매수선택권 전용계좌"를 열어 행사로 취득한 주식만 거래하고, 행사일 전날까지 특례적용신청서와 전용계좌개설확인서를 회사에 냅니다.
• 행사 뒤: 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하면 그 주식의 행사이익이 증여일·처분일이 속한 해의 근로·기타소득으로 과세됩니다. 전용계좌로 다른 주식을 거래하거나 위 기간의 전체 행사가액이 5억 원을 넘으면 그 기간에 행사해 얻은 모든 이익이 소득세로 과세됩니다.

세 특례 중 무엇을 고를지는 어떤 사실로 정해지나요?

선택은 취향이 아니라 몇 가지 사실로 좁혀집니다. 행사이익이 연 2억 원 이하이고 누적 5억 원 안이면 비과세로 끝나고, 납부특례와 과세특례는 비과세를 넘는 금액이 있을 때 검토 대상이 됩니다. 그때 둘 중 하나를 고르는데, 판단을 가르는 사실은 다음과 같습니다.

납부특례를 골랐을 때 실제로 세금이 어떻게 나뉘는지는 계산으로 확인하는 것이 빠릅니다. 아래는 상담에서 자주 보는 규모를 가정한 가상 사례입니다.

같은 사례에서 납부특례를 신청하지 않으면 회사가 행사 시점에 원천징수를 하고 2027년 5월 확정신고에서 2,306만 원이 한 번에 정산됩니다. 과세특례를 신청하면 2026년에는 5,000만 원에 대한 소득세를 내지 않고, 주식을 팔 때 양도소득으로 정산합니다. 이전 과세기간에 행사한 적이 없다는 가정에서 전체 행사가액 2억 5,000만 원(5,000원 × 50,000주)은 5억 원 이하이므로, 다른 요건을 갖추었다면 과세특례 대상이 될 수 있습니다.

퇴사자와 회사가 행사 전에 확인할 것은 무엇인가요?

퇴사 후 행사라도 각 특례의 요건을 갖추면 세 특례 모두 적용받을 수 있습니다. 비과세 조문은 "퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다"고 직접 적고 있고, 납부특례와 과세특례(적격주식매수선택권인 경우)는 국세청이 퇴직 후 행사에도 적용된다고 회신했습니다. 다만 퇴사 후 행사이익은 기타소득이 되어 회사의 원천징수 방식이 달라지고, 비거주자가 된 뒤에 행사하면 납부특례는 적용되지 않습니다.

회사가 벤처기업 확인을 더 받지 못한 상태라면 부여 시점을 봅니다. 부여할 때 벤처기업이었다면 행사할 때 벤처기업이 아니게 되었더라도 각 특례의 요건을 갖춘 경우 적용받을 수 있다는 것이 국세청의 일관된 회신이고, 과세특례는 조문 자체(제16조의4 제9항)에도 그렇게 적혀 있습니다. 반대로 부여할 때 벤처기업이 아니었던 회사의 스톡옵션은 행사 때 벤처기업 요건을 갖추었더라도 납부특례를 적용받을 수 없습니다.

행사 전에 본인과 회사가 각각 확인할 사항은 순서대로 다음과 같습니다.

1. 부여 근거 확인: 주주총회 결의서·부여 계약서로 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3에 따른 부여인지 상법 제340조의2·제542조의3에 따른 부여인지(상법에 따른 부여분은 비과세는 코넥스상장기업 부여분만, 과세특례·과세이연은 대상 아님), 부여일과 행사가격, 결의일부터 2년이 지났는지, 부여 당시 회사가 벤처기업이었는지를 확인합니다.
2. 행사이익 추정: 행사 당시 시가를 어떻게 정할지(비상장이면 평가 방법)와 행사 주식 수로 행사이익을 계산하고, 같은 벤처기업에서 이미 비과세로 받은 누적 금액을 확인합니다.
3. 특례 선택: 비과세를 넘는 금액이 있으면 위 표의 사실(보유 계획, 과세기간 기준 행사가액 합계 5억 원, 재직 기간, 지분)로 납부특례와 과세특례 중 하나를 정합니다.
4. 서류와 기한: 과세특례는 행사일 전날까지 신청서와 전용계좌개설확인서를 회사에, 납부특례는 행사한 달의 다음 달 5일까지 신청서를 회사에 냅니다. 회사는 다음 달 10일까지 명세서를, 비과세만 적용할 때는 다음 연도 2월 말일까지 비과세특례적용명세서를 세무서에 냅니다.
5. 회사의 원천징수 처리: 납부특례·과세특례 신청을 받은 회사는 해당 행사이익의 소득세를 원천징수하지 않고, 신청이 없으면 재직자는 근로소득, 퇴직자는 기타소득으로 원천징수합니다.
6. 다음 해 5월: 본인은 종합소득세 확정신고에 행사이익을 포함해 신고하고, 납부특례는 신청서 사본을 함께 내며 분납 일정을 4년간 관리합니다. 과세특례는 양도할 때 회사가 발급하는 특례신청확인서를 양도소득세 신고에 첨부합니다.