정부지원사업비로 낸 부가세, 사업비로 인정될까요

정부지원사업이나 국가연구개발과제를 수행하는 회사가 장비·용역을 사면서 협력업체 세금계산서에 붙은 부가가치세를 사업비로 집행해도 되는지, 지원금이 공급가액 기준이라 부가가치세는 회사 돈으로 내야 하는지 묻는 상담 사례가 자주 확인됩니다. 사업 종료와 정산을 앞둔 시점에는 이미 집행한 금액을 고쳐 잡기 어려우므로, 집행 전에 정해 두어야 하는 문제입니다.

회사가 부가가치세 신고에서 공제나 환급을 받을 수 있는 매입세액은 사업비로 인정되지 않습니다. 국가연구개발사업은 과학기술정보통신부 고시 「국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준」이 환급받을 수 있는 부가가치세를 연구개발비로 계상하지 못하게 하면서 실제로 환급받지 않은 경우도 포함한다고 정하고, 고용노동부·국토교통부의 국고보조사업 관리규정은 사후환급이나 공제를 받을 수 있는 금액을 집행금액에서 제외합니다. 반대로 면세사업자처럼 법령상 매입세액 공제를 받을 수 없는 회사가 부담한 부가가치세는 돌려받을 길이 없는 실제 비용이어서, 부가가치세를 포함한 금액을 사업비로 집행할 수 있다고 보는 것이 합리적입니다. 다만 세무당국의 환급 불가 확인을 요건으로 하거나 물품구매 관련 부가가치세를 과제비로 인정하지 않는다고 적어 둔 사업 지침도 있으므로, 집행 전에 사업별 지침을 보고 전문기관에 확인해야 합니다.

부가가치세는 왜 사업비에서 빠지나요?

일반과세자인 회사가 사업을 위해 재화나 용역을 사면서 낸 부가가치세는 매입세액입니다. 부가가치세법은 사업자가 자기 사업을 위해 공급받은 재화·용역의 부가가치세액을 매출세액에서 공제하도록 하고, 매입세액이 매출세액보다 크면 그 초과분을 환급세액으로 정하고 있습니다. 회사 입장에서 이 부가가치세는 협력업체에 일단 지급했다가 부가가치세 신고를 거쳐 돌려받는 돈이지, 최종적으로 회사가 부담하는 비용이 아닙니다.

정부지원사업비는 실제로 들어간 비용을 지원하는 돈입니다. 회사가 어차피 돌려받을 부가가치세까지 사업비로 집행하면, 같은 금액을 정부에서 한 번, 부가가치세 신고에서 또 한 번 받는 셈이 됩니다. 사업비 관리 규정들이 공제나 환급을 받을 수 있는 매입세액을 사업비에서 제외하는 것은 이런 이중 수혜를 막는 취지로 이해할 수 있습니다. 그 결과 사업비로 집행할 수 있는 금액은 공급가액까지이고, 세금계산서의 부가가치세 금액은 회사 자금으로 지급한 뒤 부가가치세 신고에서 공제받게 됩니다.

국가연구개발사업에서는 어떻게 정해져 있나요?

국가연구개발사업(중앙행정기관이 법령에 근거해 예산이나 기금으로 지원하는 연구개발사업)의 연구개발비는 국가연구개발혁신법에 따라 과학기술정보통신부장관이 고시하는 연구개발비 사용 기준대로 계상하고 사용해야 합니다. 이 고시 제21조는 연구개발비로 계상할 수 없는 비용을 열거하면서 첫 번째로 환급받을 수 있는 관세·부가가치세를 들고, 괄호 안에서 실제로 환급받지 않은 경우도 포함한다고 못 박고 있습니다.

두 가지를 눈여겨볼 부분입니다. 첫째, 기준은 "환급받을 수 있는" 금액입니다. 고시의 문언은 환급이지만, 일반과세자가 부담한 부가가치세는 매출세액에서 빼는 공제와 매출세액을 넘는 부분의 환급이라는 두 경로로 돌려받으므로, 매입세액 공제 요건을 갖춘 부가가치세는 이 금액에 해당한다고 보는 것이 자연스럽습니다. 고용노동부·국토교통부의 보조사업 관리규정은 아예 "사후환급이나 공제 받을 수 있는 금액"이라고 적고 있습니다. 둘째, 실제로 환급받지 않았더라도 결과는 같습니다. 부가가치세 신고에서 매입세액을 빠뜨렸다고 해서 그 금액을 연구개발비로 돌릴 수는 없고, 회사는 부가가치세 신고 쪽에서 바로잡을 방법을 찾아야 합니다.

이 고시는 과학기술정보통신부 소관 과제에만 적용되는 것이 아닙니다. 국가연구개발혁신법은 상법상 회사를 포함한 연구개발기관 전체에 고시의 사용 기준을 적용하고, 중소벤처기업부의 「중소기업기술개발 지원사업 운영요령」도 연구개발비 비목별 사용용도와 계상기준은 이 고시에 따른다고 정하고 있습니다(중소벤처기업부장관이 그 범위 안에서 비목별 적용기준을 조정할 수 있고, 세부사항은 사업별 관리지침에 따릅니다). 각 단계가 끝나면 중앙행정기관의 장이 3개월 이내에 연구개발비를 정산하고, 정산 결과에 따라 회수 등 필요한 조치를 할 수 있습니다.

일반 국고보조사업도 같은가요?

국가연구개발사업이 아닌 국고보조사업(고용·창업·시설·수출 지원 등)은 부가가치세를 사업비에서 빼는 조항이 한 곳에 모여 있지 않고 부처별 관리규정에 들어 있습니다. 고용노동부의 고용노동분야 국고보조사업 관리규정은 보조사업자가 사후환급이나 공제를 받을 수 있는 부가가치세·관세를 집행금액에서 제외하도록 하면서, 세무당국이 사후환급이 불가함을 인정하는 경우만 예외로 두었습니다. 국토교통부의 국토교통 보조사업 관리규정도 같은 구조입니다.

기획예산처의 국고보조금 통합관리지침은 중앙관서의 장이 보조사업자로부터 집행잔액 등을 반납받는 절차를 정한 조항에서 집행 뒤의 처리도 함께 정합니다. 보조사업 시행으로 발생한 부가가치세 환급금 등은 세외수입으로 계상하는 것이 원칙이고, 다만 같은 사업에 재투자하려는 경우에는 그 내역을 명확히 하여 사업계획에 미리 반영하거나 사업계획을 변경하여 사용할 수 있습니다. 고용노동부 규정에도 같은 문장이 있습니다.

따라서 일반 국고보조사업에서도 공제나 환급을 받을 수 있는 부가가치세는 사업비로 집행하지 않는 것이 기본입니다. 보조사업 시행으로 생긴 부가가치세 환급금은 세외수입으로 계상하는 것이 원칙이며, 같은 사업에 다시 쓰려면 사업계획에 반영해야 합니다. 사업비로 집행할 수 있는 예외(세무당국이 환급 불가를 인정하는 경우 등)는 부처 규정마다 표현이 다르므로, 집행 전에 해당 사업의 협약서와 관리규정 문구를 확인합니다.

공제받지 못하는 부가가치세는 사업비가 되나요?

사업비 규정들이 사업비에서 제외하는 것은 공제나 환급을 받을 수 있는 매입세액입니다. 법령상 매입세액 공제를 받을 수 없는 부가가치세는 회사가 최종적으로 부담하는 비용이어서 이 제외 범위에 해당하지 않습니다. 대표적인 경우가 면세사업입니다. 부가가치세법은 면세사업등에 관련된 매입세액을 공제하지 않으므로, 의료보건 용역·교육 용역·금융보험 용역처럼 부가가치세가 면제되는 사업만 하는 회사가 부담한 부가가치세는 돌려받을 수 없습니다.

과학기술정보통신부의 「국가연구개발혁신법 매뉴얼」은 연구개발비 사용 기준 고시의 계상 불가 항목을 표로 정리하면서, 부가가치세 과세대상 과제의 부가가치세 매입세액은 환급 여부와 관계없이 계상할 수 없고 공급가액만 계상할 수 있다고 적었습니다. 면세사업자나 면세 과제는 따로 적지 않았습니다. 전문기관인 농림식품기술기획평가원의 연구비 FAQ 자료집(2024년 하반기, 참고용)은 해당 기관과 과제가 부가가치세 환급 대상이 아니면 부가가치세를 포함한 전체 금액을 연구개발비로 사용할 수 있다고 답했습니다. 고시가 막는 것이 환급받을 수 있는 금액이라는 점까지 함께 보면, 면세사업자가 부담한 부가가치세는 사업비로 집행할 수 있다고 보는 것이 합리적입니다. 다만 보건복지부·고용노동부·국토교통부의 보조사업 관리규정처럼 세무당국이 환급 불가를 인정하는 경우에만 집행금액에 포함하도록 정한 규정이 많고, 중소벤처기업부의 대·중소기업 동반진출 지원사업 운영지침처럼 물품구매 관련 부가가치세를 과제비로 인정하지 않는다고 적어 둔 지침도 있으므로 집행 전에 전문기관에 확인해야 합니다.

과세사업과 면세사업을 함께 하는 회사는 매입세액을 실지귀속에 따라 나누고, 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분합니다. 이때 면세공급가액에는 면세사업과 관련해 받은 국고보조금·공공보조금도 들어가고, 면세공급가액이 5% 미만이면서 공통매입세액이 500만원 미만인 경우나 공통매입세액이 5만원 미만인 경우에는 안분 없이 전액 공제합니다. 국세청도 정부출연금을 받아 국책연구과제를 수행하는 사업자에 대해, 기존 해석을 인용하면서 과세사업 관련 연구기자재 매입세액은 공제하되 면세사업 관련 매입세액은 공제하지 않으며 공통매입세액은 안분한다고 회신했습니다. 안분 결과 공제받지 못하는 부분만 회사가 실제로 부담하는 부가가치세가 됩니다. 이 부분도 회사가 실제로 부담하는 비용이라는 점에서 사업비로 집행할 여지가 있습니다. 다만 수행하는 과제가 부가가치세 과세대상 과제라면 매뉴얼의 "환급여부 불문" 문구가 달리 읽힐 수 있고, 과제별로 안분한 금액을 어떻게 정산하는지에 대한 공식 기준도 분명하지 않으므로 전문기관에 확인해야 합니다.

간이과세자(직전 연도 공급대가가 일정 금액에 미달하는 개인사업자로서 간이과세가 계속 적용되는 경우)는 또 다릅니다. 간이과세자는 세금계산서등을 받아 매입처별 세금계산서합계표나 신용카드매출전표등 수령명세서를 제출하더라도 매입세액 전액이 아니라 세금계산서등을 받은 공급대가의 0.5%만 납부세액에서 공제하고(제39조의 불공제 매입세액은 제외), 공제액이 납부세액을 넘어도 환급받지 못합니다. 공급대가의 0.5%는 부가가치세액의 5.5%에 해당하므로 부가가치세의 94.5%는 회사가 부담하는 셈이고, 해당 과세기간의 매출(공급대가) 합계가 4,800만원에 미달해 납부의무가 면제되면 실제로 공제받는 금액도 없습니다. 이 점에서 공제받지 못하는 부분은 사업비로 집행할 여지가 있다고 볼 수 있습니다. 다만 일반과세자와 간이과세자는 부가가치세를 제외한 공급가액만, 면세사업자는 부가가치세를 포함해 집행하도록 정한 지원사업 공고도 있으므로, 간이과세자가 정부지원사업을 수행한다면 협약 전에 전문기관에 처리 기준을 확인해 두어야 합니다.

지원금과 협력업체 세금계산서에는 부가가치세가 붙나요?

지원금 자체에 부가가치세를 붙여 세금계산서를 발행해야 하는지 묻는 경우도 많습니다. 부가가치세법은 재화·용역의 공급과 직접 관련되지 않는 국고보조금·공공보조금을 공급가액에 넣지 않습니다. 국세청은 정부나 전문기관과 연구개발과제협약을 맺고 정부출연금을 받아 국책연구과제를 수행하면서 연구 결과물을 회사에 귀속시키는 경우, 그 출연금은 과세표준에 포함되지 않고 과세사업 관련 연구기자재 매입세액은 공제된다고 회신했습니다.

협력업체가 발행하는 세금계산서는 별개입니다. 회사가 보조금을 재원으로 장비나 용역의 대가를 지급하더라도 협력업체 입장에서는 회사에 재화·용역을 공급한 것이므로 공급가액 전액이 과세표준이 되고 부가가치세가 붙습니다. 지원금으로 공급가액 전액을 충당하는 사업이라도 협력업체는 공급가액에 10%의 부가가치세를 더한 세금계산서를 발행하고, 회사는 부가가치세까지 지급한 뒤 공급가액만 사업비로, 부가가치세는 회사 부담 후 매입세액 공제로 처리합니다. 세금계산서에 부가가치세가 붙었다고 해서 틀린 것이 아니고, 사업비로 집행할 수 있는 금액이 공급가액까지라는 점을 분리해서 보아야 합니다. 공급자의 과세표준이 공급받는 자에게서 받는 대가 전부라는 점은 부가가치세법 제29조 제3항에 있고, 국세청은 보조금 자체의 과세 여부를 묻는 질의에서도 보조금을 지급받은 자가 재화·용역을 공급받고 그 보조금을 재원으로 대가를 지급하는 경우에는 그 대가가 공급자의 과세표준에 포함된다고 회신했습니다.

같은 장비를 면세사업만 하는 회사가 샀다면 ③이 0원이 되어 100만원이 회사의 최종 부담으로 남습니다. 이 100만원은 공제나 환급을 받을 수 있는 금액이 아니므로 1,100만원 전체를 연구개발비로 계상할 수 있다고 보는 것이 합리적입니다. 다만 고시에 이를 직접 허용하는 문언은 없고 사업별 협약·지침이 다를 수 있으므로 집행 전에 전문기관의 확인을 받아 두는 편이 안전합니다.

집행·정산 전에 무엇을 확인해야 하나요?

아래 순서로 보면 부가가치세를 어디까지 사업비로 잡을 수 있는지와 정산 때 무엇을 소명해야 하는지가 정리됩니다.

1. 사업의 종류: 국가연구개발사업이면 연구개발비 사용 기준 고시 제21조가 바로 적용됩니다. 일반 국고보조사업이면 사업 공고·협약서와 해당 부처 관리규정에서 부가가치세 조항을 찾고, 없으면 전문기관이나 보조금 담당 부서에 서면으로 확인합니다.
2. 회사의 부가가치세 사업자 유형: 일반과세자인지, 면세사업자인지, 과세·면세를 겸영하는지, 간이과세자인지에 따라 공제받을 수 있는 매입세액의 범위가 달라집니다. 겸영이면 면세공급가액 비율에 따른 안분 결과를 미리 계산해 둡니다.
3. 증빙: 세금계산서 등 법령이 정한 증빙을 받지 못하면 매입세액 공제를 받을 수 없습니다. 증빙을 갖추지 못해 공제를 놓친 부가가치세를 사업비로 돌릴 수 있는지는 고시·규정에 명시되어 있지 않으므로, 집행 때 공제 요건을 먼저 갖추는 편이 안전합니다.
4. 집행 방식: 사업비 계좌·연구비카드에서 부가가치세까지 결제했다면 부가가치세 상당액을 회사 자금으로 보전하는 방법을 사업별 관리지침과 전문기관 안내에 따라 처리합니다.
5. 부가가치세 신고 반영: 사업비로 집행한 거래의 매입세액도 재화·용역을 공급받은 시기가 속하는 과세기간의 신고에 넣어 공제받습니다. 지원금 자체는 공급과 직접 관련이 없다면 과세표준에 넣지 않습니다.
6. 정산 서류: 세금계산서, 지급 증빙과 함께 해당 과세기간의 부가가치세 신고서(매입처별 세금계산서합계표)를 보관해 두면, 부가가치세를 사업비에서 뺀 이유와 공제 여부를 정산 때 설명할 수 있습니다. 면세사업자·겸영사업자·간이과세자가 부가가치세를 사업비로 집행했다면 그 이유를 소명할 서류는 사업별로 다를 수 있으므로, 집행 전에 전문기관에 필요한 서류를 확인해 둡니다.