양도소득세 장기보유특별공제 폐지 논의 — 1세대 1주택 고가주택(12억 초과) 중심 쟁점과 실무 대응

2026년 4월 현재 양도소득세 장기보유특별공제(이하 장특공제) 폐지 여부가 부동산 세제 분야의 최대 쟁점으로 떠올랐습니다.
4월 8일 윤종오 의원 외 10명의 「소득세법」 일부개정법률안 발의로 논의가 본격화되었고, 이재명 대통령이 4월 18·19일 SNS에서 제도 개편 방향을 직접 언급하며 시장의 관심이 급격히 높아졌습니다.

다만 현시점에서 확정된 것은 없습니다.
여당 공식 창구는 “세제 개편을 검토한 바 없다”는 입장이며, 법안은 국회 기획재정위원회 심사 전 단계입니다.
이 글에서는 현행 장특공제 구조, 1세대 1주택 고가주택(양도가액 12억원 초과) 보유자의 세액 변동 폭, 그리고 2026년 5월 10일 다주택자 중과 재개와 맞물린 실무 대응 전략을 정리합니다.

장특공제 폐지 논의 타임라인 — 2026년 4월 현황

장특공제 폐지 논의는 2026년 4월 초 의원 발의로 시작되어 대통령 발언으로 확산된 구조입니다.
사실관계를 날짜별로 정리하면 쟁점의 범위가 선명해집니다.

이재명 대통령은 4월 18일 SNS에 “장특공제 폐지가 세금 폭탄이라는 주장은 거짓 선동”이라며 “장특공제는 거주 여부와 무관하게 장기보유라는 사유만으로 양도세를 대폭 깎아주는 제도”라고 지적했습니다.
이튿날 4월 19일에는 “6개월 유예 후 다음 6개월 절반 폐지, 1년 후 전면 폐지”의 단계적 시행 방침을 시사했습니다.

반면 민주당 공식 창구는 다른 결의 메시지를 내고 있습니다.
4월 20일 강준현 수석대변인이 “세제 개편을 검토한 바 없다”고 공식 부인했고, 오늘(4월 21일) 한정애 의원도 같은 입장을 재확인했습니다.
국민의힘 송언석 원내대표는 “폐지 시 대통령 분당 아파트 양도세가 9,300만원에서 6억원으로 급증한다”며 공세를 이어가고 있습니다.

현행 장특공제 구조 — 표1과 표2의 결정적 차이

장특공제는 「소득세법」 제95조 제2항에 근거하며, 부동산을 3년 이상 보유한 자의 양도차익에서 일정 비율을 공제해주는 제도입니다.
같은 ‘장특공제’라는 이름을 쓰지만 성격이 전혀 다른 두 개의 공제표가 존재합니다.

[표2]는 「소득세법 시행령」 제159조의4의 거주요건을 충족한 1세대 1주택에 한해 적용됩니다.
같은 1세대 1주택자라도 실거주하지 않았거나 거주기간이 2년 미만이면 [표1]이 적용됩니다.
이번 개편 논의의 핵심은 [표2]의 ‘보유기간 공제’를 어떻게 손볼 것인가에 집중되어 있습니다.

[표1] 일반 장특공제율 — 보유기간 기준

[표2] 1세대 1주택 장특공제율 — 보유·거주 합산 최대 80%

1세대 1주택 고가주택 과세 계산 구조

「소득세법」 제89조 제1항 제3호는 1세대 1주택 양도소득을 원칙적으로 비과세하되, 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 고가주택은 그 초과분에 해당하는 양도차익만 과세하도록 규정합니다.
장특공제 폐지 논의가 1세대 1주택 중에서도 ‘고가주택 보유자’만을 대상으로 한다는 점은 여기서 출발합니다.

예를 들어 양도가액 40억원·양도차익 30억원이면 과세대상 양도차익은 30억 × (40억 − 12억) / 40억 = 21억원이 되고, 장특공제액도 같은 70% 비율로 축소 계산됩니다.
양도가액 12억원 이하 1세대 1주택자는 전액 비과세이므로 이번 논의의 영향을 전혀 받지 않습니다.

계산 사례 — 보유공제 폐지 전후 세액 비교

논의의 체감 효과는 구체적 수치로 확인할 때 가장 명확합니다.
신한은행 우병탁 전문위원이 공개한 표준 시뮬레이션을 바탕으로 보유공제 40%가 폐지되는 시나리오의 영향을 계산해보겠습니다.

위 수치는 보유 10년·거주 2년으로 현행 [표2]를 적용받던 구간을 가정한 결과입니다.
10년 보유·10년 거주한 완전 실거주 1주택자는 보유공제가 폐지되더라도 거주공제 40%가 남아 세액 증가폭이 제한됩니다.
반면 거주 요건(2년)만 겨우 충족하고 보유공제(40%)에 의존해 세 부담을 낮춰온 층이 가장 큰 영향을 받는 구조입니다.
참고로 거주 2년을 아예 충족하지 못한 1주택자는 현행에서도 이미 [표1](최대 30%)이 적용되고 있어, 개편안이 전면 폐지 형태가 아닌 한 직접적 변화 폭은 오히려 상대적으로 작습니다.

비거주 1주택자와 실거주 1주택자 — 개편안의 실질 대상

대통령 발언의 핵심은 “실거주자 감면은 따로 있으니, 장기보유만으로 공제받는 구조를 조정하겠다”는 메시지입니다.
이는 [표2]의 두 기둥 중 ‘보유기간 공제’만을 겨냥한 표현으로 해석됩니다.

한겨레 2026년 4월 20일자 보도는 “비거주 1주택자도 보유공제를 통해 최대 40% 혜택을 받는 구조”라고 지적했습니다.
이는 [표2]가 적용되는 거주 2년 이상 충족 사례 중 실질 거주 없이 등본상 요건만 채운 경우를 함께 가리킨 것으로 해석됩니다.

실거주 여부는 「소득세법 시행령」 제159조의4의 거주기간 산정으로 판단합니다.
주민등록등본 외에 관리비·공과금 납부 내역, 자녀 학교 전학 기록 등 객관적 증빙이 종합 검토되며, 허위 거주로 판명되면 [표2] 적용이 배제되고 가산세가 부과됩니다.

2026년 5월 10일 다주택자 중과 재개와의 동시 영향

장특공제 폐지 논의와 별개로 이미 확정된 중요한 변화가 하나 더 있습니다.
조정대상지역 내 다주택자 양도소득세 중과세율 한시 배제 조치가 2022년 5월 10일부터 2026년 5월 9일까지 4년간 적용되었는데, 이 조치가 2026년 5월 10일부로 종료될 예정입니다.

대법원 2025두35037 판결(2026.1.8.)은 1세대 3주택자에 대한 장특공제 배제와 중과세율 적용이 적법하다고 판시해 해당 체계의 법적 정당성을 재확인했습니다.
따라서 조정대상지역 내 2주택 이상 보유자가 주택을 처분할 계획이라면 2026년 5월 9일 양도 잔금일을 기준으로 전후 세액 차이가 매우 커질 수 있습니다.

상속·증여 주택의 장특공제 — 통산 가능 여부의 함정

상속이나 증여로 취득한 주택의 경우 보유·거주기간 산정 방식이 비과세 판단과 장특공제 계산에서 서로 다르게 적용됩니다.
실무에서 가장 자주 혼동되는 지점입니다.

대법원 2025두34935 판결(2026.1.15.)은 상속주택의 거주기간을 피상속인과 상속인이 통산할 수 없음을 재확인했습니다.
예컨대 피상속인이 15년 거주한 주택을 상속받아 5년 거주 후 양도하면, 비과세 요건은 통산 20년으로 인정되지만 [표2] 거주공제는 상속 후 5년(20%)만 인정됩니다.
공동상속주택은 공동상속인 중 거주기간이 가장 긴 사람의 기간으로 판단합니다.

실무 대응 — 지금 취할 수 있는 전략

법안 통과 여부가 불확실한 현시점에 섣부른 매도나 증여는 오히려 손해일 수 있습니다.
다만 상황별 리스크 시나리오 점검과 판단 기준 정리는 지금 시작해야 합니다.

상황별 점검 포인트

• 양도가액 12억원 이하 1세대 1주택자는 이번 논의와 무관합니다.
• 12억원 초과 1세대 1주택자 중 보유기간과 거주기간이 모두 길어 거주공제(최대 40%) 비중이 큰 장기 실거주자는 거주공제 유지 시 상대적 영향이 제한적입니다.
• 12억원 초과 1세대 1주택자 중 거주 2년만 겨우 충족하고 보유공제(40%) 비중이 큰 층이 개편 시 가장 큰 세액 증가 영향을 받습니다. 거주 2년 미만자는 현행에서도 이미 [표1] 적용이라 개편안 범위에 따라 영향 폭이 달라집니다.
• 조정대상지역 내 다주택자는 2026년 5월 9일까지 잔금 여부가 장특공제 폐지보다 더 즉각적인 쟁점입니다.
• 상속·증여 예정 주택은 장특공제 기산일(상속·증여 취득일)을 기준으로 한 장기 플랜 재검토가 필요합니다.