2026년 세제개편안 양도소득세 — 장기보유특별공제 개편 등 7개 항목 개정 전후 비교

정부는 2026년 8월 3일 세제발전심의위원회를 열어 「2026년 세제개편안」을 확정·발표했습니다.
양도소득세 부분의 핵심은 장기보유특별공제를 주택과 주택 외로 쪼개고, 주택의 공제 기준을 보유기간에서 거주기간으로 옮기는 것입니다.
여기에 오래 거주한 1주택자의 부담을 덜어주는 항목과 다주택자에게 한시적으로 매도 기회를 주는 항목이 함께 붙어 있습니다.

이 글은 발표된 개편안 중 양도소득세 관련 주요 7개 항목을 골라 현행 규정과 개정안을 표로 대조하고, 각 항목의 적용 시점을 정리한 것입니다.
같은 주택이라도 2027년에 파는 경우와 2029년에 파는 경우의 세부담이 크게 달라지므로, 내용과 시행 시점을 함께 보아야 의미가 있습니다.

개편의 축 — 보유에서 거주로, 그리고 시점별 로드맵

이번 양도소득세 개편을 관통하는 원칙은 "거주하는 1주택은 보호하고, 거주하지 않는 보유 주택의 세제 혜택은 정리한다"입니다.
정부는 개편 이유를 "거주 중심으로 주택 양도소득세 공제제도 단계적 개편", "비거주 주택 보유에 대한 세제지원 합리화"로 밝히고 있습니다.

이 원칙은 두 갈래로 나타납니다.
하나는 장기보유특별공제의 보유공제를 거주공제로 바꾸는 정면 개편이고, 다른 하나는 거주하지 않아도 1주택 혜택을 받게 해 주던 특례(일시적 2주택·매입임대·상생임대)를 축소하는 것입니다.
그 사이에 오래 거주한 1주택자와 고령 1주택자를 위한 완화 조치가 함께 들어갔습니다.

중요한 것은 항목마다 적용 시점이 다르다는 점입니다.
장기보유특별공제 개편은 1년의 유예를 두고 2028년 양도분부터 적용되지만, 시행령 사항인 일시적 2주택·매입임대·상생임대는 2026년 10월 1일 양도분부터 적용됩니다.

장기보유특별공제 이원화와 거주공제 전환

현행 「소득세법」 제95조는 토지·건물(주택 포함)·조합원입주권에 대해 하나의 장기보유특별공제를 적용합니다.
개정안은 이를 주택과 주택 외로 쪼개어, 주택·조합원입주권은 "장기거주소득공제"로, 토지와 주택 외 건물은 "장기보유소득공제"로 명칭과 제도를 분리합니다.

1세대 1주택자 — 보유공제가 사라지고 거주공제만 남습니다

현행은 3년 이상 보유·2년 이상 거주를 기본요건으로 보유 연 4%(최대 40%)와 거주 연 4%(최대 40%)를 합산해 최대 80%를 공제합니다.
개정안은 최대 공제율 80%는 그대로 두면서 그 구성을 거주 쪽으로 옮깁니다.
2029년부터는 거주 연 8%(최대 80%)만 남고 보유공제는 없어집니다.

다주택자(비조정대상지역) — 최대 30%의 기준이 거주로 바뀝니다

다주택자는 현행 보유 연 2%(최대 30%)를 적용받습니다.
개정안은 2028년에 보유 연 1%(최대 15%)와 거주 연 2%(최대 30%) 중 높은 쪽을 적용하고, 2029년부터는 거주 연 2%(최대 30%)만 적용합니다.
거주공제는 2년 이상 거주한 경우에만 적용됩니다.

공제한도 신설 — 고가주택일수록 체감이 큽니다

현행은 공제율만 정해져 있을 뿐 공제금액에 한도가 없습니다.
개정안은 인별 연간 한도와 양도물건별 한도를 각각 신설하며, 2028년 20억원에서 2029년 이후 10억원으로 축소합니다.
공동소유이거나 시점을 달리해 분할양도하는 경우에는 지분비율 또는 분할양도 비율에 따라 한도를 안분합니다.

거주기간이 짧고 보유기간이 긴 주택일수록 개편의 영향이 큽니다.
반대로 10년 이상 실거주한 1주택은 2029년에도 공제율 80%가 그대로 유지되므로 공제율 측면의 불이익은 없습니다.
다만 공제금액이 10억원을 넘는 초고가 주택은 신설되는 한도의 적용을 받습니다.

거주하지 못한 사정을 감안하는 보완장치도 함께 마련됩니다.
취학·직장 변경·1년 이상 치료를 요하는 질병·학교폭력 피해로 인한 전학·해외체류·60세 이상 직계존속 동거봉양 등 부득이한 사유로 다른 시·군으로 주거를 옮긴 기간은 최장 3년까지 거주기간으로 인정됩니다.
재개발·재건축으로 취득한 신축주택은 공사기간의 2분의 1을, 등록임대주택 중 건설임대주택과 매입임대주택(조정대상지역 아파트 제외)은 임대기간을 거주기간으로 인정합니다.

1주택자 부담 완화 — 기본공제 2,500만원과 고령자 한시감면

거주 중심 개편으로 부담이 늘어나는 축이 있는 반면, 오래 거주한 1주택자에게는 부담을 덜어주는 항목도 함께 마련됐습니다.

장기 거주 1주택 양도소득 기본공제 확대

현행 「소득세법」 제103조 제1항은 부동산 등·주식 등·파생상품 등·신탁수익권의 소득별로 각각 연 250만원을 공제합니다.
개정안은 10년 이상 거주한 양도가액 30억원 이하의 1세대 1주택을 양도하는 경우 이 기본공제를 연 2,500만원으로 상향합니다.

고령 1주택자 한시적 양도소득세 감면 신설

65세 이상 1세대 1주택자가 거주하던 수도권 주택을 처분하고 비수도권으로 이주하는 경우에 적용되는 한시 감면이 「조세특례제한법」에 신설됩니다.
요건이 촘촘하고 사후관리도 강한 편이라 실제 활용 시에는 개별 검토가 필요합니다.

다주택자 조정대상지역 중과 한시 완화

현행 「소득세법」 제104조 제7항은 조정대상지역 소재 주택을 양도하는 다주택자에게 기본세율(6~45%)에 1세대 2주택은 20%p, 1세대 3주택 이상은 30%p를 더한 세율을 적용합니다.
개정안은 이 중과세율을 2027년과 2028년 두 해에 걸쳐 한시적으로 낮춥니다.

완화 대상은 보유기간 2년 이상인 주택에 한정됩니다.
주목할 점은 소급 성격의 특례가 함께 붙어 있다는 것입니다.
2026년 중 중과세율을 적용받은 양도분도 2027년 1월 1일 이후 예정신고·확정신고를 하는 경우 완화된 세율(2주택 +5%p, 3주택 이상 +10%p)을 적용받을 수 있습니다.

조정대상지역 내 일시적 2주택 특례기간 단축

현행은 신규주택 취득일부터 3년 이내에 종전주택을 양도하면 1세대 1주택으로 보아 비과세(양도가액 12억원 이하)와 장기보유특별공제 우대(최대 80%)를 적용합니다.
개정안은 조정대상지역 종전주택을 보유한 상태에서 조정대상지역 신규주택을 취득한 경우에 한해 이 기간을 2년으로 단축합니다.

적용 시점이 특히 중요합니다.
조정대상지역 주택을 발표일 다음 날인 2026년 8월 4일 이후 새로 취득하고 조정대상지역 종전주택을 2026년 10월 1일 이후 양도하는 경우부터 적용됩니다.
2026년 8월 3일 이전에 주택 또는 분양권·조합원입주권을 취득했거나, 취득을 위한 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에는 종전 규정인 3년이 적용됩니다.

조정대상지역 매입임대 아파트 중과배제 단계적 폐지

2020년 8월 「민간임대주택에 관한 특별법」 개정으로 8년 장기일반 아파트 매입임대와 4년 단기 매입임대 유형이 폐지되면서, 해당 주택은 임대의무기간 종료 후 자동 등록말소되었습니다.
등록말소 후 재산세 감면과 종합부동산세 합산배제는 종료되었지만 양도세 중과배제와 장기보유특별공제 우대(50%)는 기한 없이 계속 적용되고 있는데, 개정안은 여기에 종료 시점을 설정합니다.

대상은 조정대상지역에 소재한 매입임대 "아파트"로 한정됩니다.
조정대상지역 내 다세대·연립 등 비아파트, 조정대상지역 외 아파트, 건설임대·공공지원 유형은 현행 특례가 그대로 유지됩니다.
2027년 1월 1일 기준으로 의무임대가 진행 중이거나, 조정대상지역으로 신규 지정되었거나, 재건축·재개발이 진행 중인 경우에는 의무임대 종료일·지정 공고일·이전고시일 중 가장 늦은 날을 기산일로 하여 별도 기간이 산정됩니다.

양도 시점에 따른 차이는 정부 문답자료의 사례에서 확인할 수 있습니다.
아래 사례는 임대주택 3채와 거주주택 1채를 보유한 1세대 4주택자를 전제로 한 것으로, 중과세율은 3주택 이상 보유자 기준(2028년 1/2 중과 +15%p, 2029년 중과 +30%p)이 적용된 결과입니다.
2주택자라면 같은 시점에 적용되는 중과세율이 2028년 +10%p, 2029년 +20%p로 낮아지므로 세부담 격차도 그만큼 줄어듭니다.

세액 차이가 크게 벌어지는 이유는 세율 하나 때문이 아닙니다.
중과세율 인상, 장기보유특별공제 우대율 축소(50%→30%→배제), 그리고 중과 대상이 되면 장기보유특별공제 자체가 배제되는 효과가 겹치기 때문입니다.
보유 주택 수가 적을수록 격차는 완만해지므로, 실제 세부담은 본인의 주택 수와 양도차익 구성에 따라 개별적으로 계산해 보셔야 합니다.

상생임대주택 거주요건 면제 혜택 조정

상생임대주택 특례는 1주택자가 직전 임대차 대비 임대료를 5% 이내로 올린 상생임대차계약을 체결하고 2년 이상 임대하면, 1세대 1주택 비과세와 장기보유특별공제 우대의 2년 거주요건을 면제해 주는 제도입니다.
현행은 양도 시점에 제한이 없어 요건을 갖춘 뒤 언제 팔아도 면제를 적용받을 수 있었습니다.

개정안은 예정된 일몰(2026.12.31.)대로 특례를 종료하면서, 양도기한 요건을 새로 추가합니다.

시점별 실무 체크리스트와 확정까지 남은 절차

항목마다 적용 시점이 달라, 어떤 결정을 언제 해야 하는지가 실질적인 관건입니다.
보유 상황별로 지금 확인해 둘 사항을 정리하면 다음과 같습니다.

거주 중인 1세대 1주택자

• 실거주 기간이 10년 이상이면 장기보유특별공제 80%가 2029년 이후에도 유지되므로 공제율 측면의 불이익은 없습니다
• 양도가액 30억원 이하이고 10년 이상 거주했다면 2027년 양도분부터 기본공제 2,500만원 적용이 가능합니다
• 65세 이상이고 비수도권 이주를 고려 중이라면 2027년 감면율 50%(한도 5억원)가 2028년 30%(한도 3억원)보다 유리합니다
• 부부 공동명의라면 기본공제가 각각 2,500만원 적용되므로 명의 구성도 함께 점검할 필요가 있습니다

보유만 하고 거주하지 않는 1주택자

• 2029년 이후 양도분부터는 거주기간만으로 공제율이 산정되어 공제율이 0%가 될 수 있습니다
• 2027년까지는 현행과 같이 보유 연 4%가 유지되고 2028년에도 보유 연 2%(최대 20%)가 남아 있어, 양도 시점 선택의 실익이 큽니다
• 부득이한 사유(취학·직장·질병·해외체류·부모봉양 등)로 거주하지 못한 기간은 최장 3년까지 거주기간으로 인정되므로 해당 여부를 먼저 확인해야 합니다

다주택자

• 조정대상지역 주택 매도를 검토 중이라면 중과 완화 폭이 가장 큰 2027년이 유리합니다
• 2026년 중 중과세율로 양도한 건도 2027년 1월 1일 이후 신고 시 완화세율 적용이 가능한지 확인해야 합니다
• 조정대상지역 소재 등록말소 매입임대 아파트를 보유 중이라면 2027년 12월 31일이 실질적인 분기점입니다
• 비조정대상지역 주택은 2029년부터 거주공제만 남으므로 거주 이력 정리가 필요합니다

일시적 2주택·상생임대 활용 중인 분

• 2026년 8월 3일 이전에 취득했거나 계약금을 지급한 경우에는 종전 3년 규정이 적용되므로 계약일과 계약금 지급일 증빙을 보관해야 합니다
• 2026년 8월 4일 이후 조정대상지역 신규주택을 취득하는 경우 종전주택 처분 기한이 2년으로 줄어듭니다
• 상생임대 특례 적용 주택은 계약 종료일 기준 양도기한을 계산해 두어야 합니다